منبع مقاله درباره سیر تکاملی، مورفولوژی، تاکسونومی

دیگر از نام‌های عامیانه بود. دشمن پادشاه نیز نام دیگری بود چون اعتقاد بر این بود که پادشاه با دست زدن به افراد سلی آنها را شفا می‌دهد. پوت و یا گیبس مفصلی نیز نامیده می‌شد. نام بیماری کخ نیز متداول است.
سل میلیاری که با نام سل ارزنی نیز شناخته می‌شود در بیماران با ضعف ایمنی دیده می شود. دراین نوع ضایعات تحت پرتو ایکس ظاهری دانه شکل دارند.
1-15-تعیین هویت مایکوباکتریها
1_15_1_تعیین هویت مایکوباکتریها بر اساس خصوصیات فنوتیپیک
تشخیص و تعیین هویت گونهها نقشی مهم در کنترل بیماری سل بازی میکند.کامربرگ و همکاران32 (1997) خصوصیات بیولوژیکی و مولکولی متنوعی برای تعیین هویت مایکوباکتریوم توبرکلوزیس کمپلکس استفاده میشود. خصوصیات رشدی، فنوتیپی و بیوشیمیایی برای افتراق اعضای مایکوباکتریوم توبرکلوزیس کمپلکس استفاده شده است. هوکوآ و همکاران33(2010). هرچند این تستها کند و زمانبر هستند.گونه‌های مایکوباکتریایی بر اساس سرعت رشد، درجه حرارت اپتیمم، شکل کلنی، تولید رنگدانه و نیاسین و سروتایپینگ به صورت سنتی ازیکدیگر متمایز میشوند. از دیگر خصوصیات این گروه که برای تعیین گونه استفاده می گردد شامل توانائی رشد برخی از گونه‌ها برروی محیط لوانشتاین جانسون، که یکی از پر استفادهترین محیطها برای رشد مایکوباکتریها می‌باشد و یا توانائی رشد در حضور مهار کننده هایی مثل پارا- نیتروبنزوآت و هیدروکسیل آمین می باشد. علاوه بر این، خصوصیات ویژه بیوشیمیایی مانند حضور یاعدم حضور برخی از آنزیمها مانند اوره- آز، آریل سولفاتاز و کاتالاز و یا خصوصیات ویژه آنزیمها مانند کاتالاز مقاوم به حرارت برای تمیز دادن گونههای مختلف مفید است. در گذشته مایکوباکتریها به دو گروه کمپلکس مایکوباکتریوم توبرکلوزیس و مایکوباکتریوم های آتیپیک یا مایکوباکتریوم های غیر توبرکلوزیس طبقه‌بندی می‌شدند. برای نیل به منظور فوق، رانیون34مایکوباکتریوم هایآتیپ یک را بر اساس خصوصیات فنوتیپی مثل داشتن رنگدانه وسرعت رشد به چهار گروه تقسیم‌ بندی نمود (هاین و همکاران، 2012).
گروه های یک ، دو و سه تنها شامل مایکوباکتریهای کند رشد بودند، مثل ارگانیسمهایی که به بیش از یک هفته زمان برای رشد نیاز دارند، درحالیکه گروه چهار شامل گونه‌های سریع رشد بوده که به (حداکثر) یک هفته برای رشد نیاز دارند. گروه یک رانیون شامل گونههای فتو کروموژن میباشدکه کلنیهایشان تنها در حضور نور قابلیت ایجاد رنگدانه را دارند (مایکوباکتریوم کانزاسی و مایکوباکتریوم مارینوم). گروه دوم شامل گونه‌های اسکوفتوکروموژن بوده که کلنیهای آنها درحضور ویا درغیاب نور تولید رنگدانه مینماید (مایکوباکتریوم گوردونه و مایکوباکتریوم اسکوروفولاسئوم). گروه سوم شامل گونههای غیرکروموژن میباشند که کلنی های بدون رنگ ایجاد میکنند (مایکوباکتریوم آویوم، مایکوباکتریوم اینتراسلولار و مایکوباکتریوم گزنوپی) و نهایتاً گروه چهارم رانیون شامل مایکوباکتریومهای سریع الرشد (مایکوباکتریوم فورتوئیتوم و مایکوباکتریوم شلونئی) می باشد (هاین و همکاران، 2012).
در جدول شماره 2-3 لیست جدید تستهای رایج شیمیائی که در حال حاضر کاربرد دارند و خصوصیات مفید کشت برای تمایز گونههای مختلف کند رشد مایکوباکتریایی به طور خلاصه ارائه شده است. در این جدولترکیبات مختلف مایکولیک اسید نیز بر اساس کروماتوگرافیلایه نازک در میان گونههای مختلفنشانداده شده و همچنین مارکرهای مهم طبقه بندی شیمیائی برای تعیین هویت مایکوباکتریها ارائه شده است(دیاموند35، 2002).
تا دهه 1980خصوصیات فنوتیپی، تنها ابزار مورد استفاده برای طبقه بندی گونه‌های مختلفمایکوباکتریایی بود که احتمال دریافت نتایج کاملاً مشابه برای گونههای کاملاً متفاوت، وجود داشت. تکنیکهای جدید طبقهبندی مولکولی این فرصت را ایجاد کرد تا طبقه‌بندی و فیلوژنی مایکوباکتریها مورد تجدید نظر قرار بگیرد. در حال حاضر دسته جدیدی از اطلاعات ارزشمند و پر توان طبقه بندی در دسترس است(مانند طبقه‌بندی شیمیائی، ترکیبات بازهای هسته‌ای و هیبریدیزاسیون DNA-DNA) که اجازه تمایز خیلی دقیق را بین ارگانیسم ها فراهم کرده و خصوصیات غیر متشابه را که در گذشته قابل ردیابی نبودند را آشکار می‌سازد. کوسین و همکاران (1993).از طرفی تکنیک هایی که براساس مشخصات فنوتیپی و کشت می باشند وقت گیر و غیر قابل اعتماد هستند. کوسین و همکاران (1993). به طورکلی وابستگی‌های جدید تکاملی به ویژه در مایکوباکتریها، امروزه بسیار مورد توجه قرار گرفته و اساس مهم طبقه‌بندی و نامگذاری اکتینومیستها شده است. برای مثال تعیین توالی s16 ریبوزومی اسید ریبونوکلئیک(RNA) و با استفاده از آن درخت تکامل نژادی برای اکتینومیستولوژیستها تهیه شده که اجازه بررسی سیر تکاملی و همچنین اساس طبقه بندی اکتینومیستها را فراهم نموده است (میشل و همکاران36، 2008).
با اینحال توزیع برخی از خصوصیات مورفولوژیک و کموتاکسونومیک مثل نوع پپتیدوگلایکن، فسفولیپیدهای مناکینون، قندها و اسیدهای چرب دیواره سلولی، به میزان زیادی طرح فنوتیپیک جنس را در هر شاخه تسهیل نموده و ترکیب خصوصیات فنوتیپیک، اجازه پیشگوئی این که آیا یک ارگانیسم جدید مشابه اعضای ثبت شده قبلی بوده و یا یک طبقه جدید است را می‌دهد. اگرچه خصوصیات فنوتیپیک زیادی در نژادهای مختلف یافت میشوند(بجز مایکولیک اسید) و از اینرو یک شاخص غیر قابل اعتماد در ارتباطات تکامل نژادی ه
ستند که پیشگوئی در سطح بالای طبقه بندی را غیر ممکن و غیر محافظه کارانه می‌سازند(به طور مثال در سطح خانواده) (میشل و همکاران، 2008).
جدول1-2:لیست جدید تستهای رایج شیمیائی برای تمایز گونههای مختلف کندرشد مایکوباکتریایی(49).
ادامه جدول1-2

نوشته ای دیگر :
منبع مقاله دربارهof، and، Mycobacterium، the

جدول 1- 3: لیست جدید تستهای رایج شیمیائی برای تمایز گونههای مختلف سریع الرشد مایکوباکتریایی(51)

( در جدول 2- 4 نتایجی که برای انتخاب مایکوباکتریهای سریع‌الرشد مطرح می‌شود به صورت خلاصه ارائه شده.)
در ادامه نحوه طبقهبندی مایکوباکتریها با استفاده از خصوصیات ژنوتیپی به طور خلاصه ارائه میگردد.
1- 15 -2- تعیین هویت براساس خصوصیات ژنوتیپی
از آنجایی که مایکوباکتری های پاتوژن دارای دوره انکوباسیون طولانی می باشند، تشخیص آزمایشگاهی آنها با مشکلاتی مواجه می شود. به نحوی که تعیین حساسیت دارویی این باکتری، مستلزم گذشت مدت زمان 2 تا 4 ماه می باشد. خاتمی (1379) از این نظر که برای کنترل کامل بیماری سل، تشخیص سریع بسیار حائز اهمیت میباشد بهرهگیری از تکنیک های مولکولی الزامی است. این تکنیک ها به سرعت پیشرفت نموده و از اواسط دهه1980 به کار گرفته شدند. رشد چشمگیر تکنیک های فوق، تعیین هویت بهتر و سریعتر مایکوباکتریوم ها را امکان پذیر ساخت. بروش و همکاران37 (2002). در سال‌های اخیر اشتیاق زیادی برای استفاده از تکنیک‌های مولکولی در آزمایشگاه های سل دیده می‌شود. دلیل اصلی این اشتیاق آن است که به کمک این تکنیک‌ها می‌توان با سرعت بسیار و در عین حال حساسیت و ویژگی‌ بالا به تشخیص مورد نظر دست یافت. در واقع در حال حاضر از نظر تکنیکی امکان تعیین آلودگی یک نمونه به یکی از اعضاء کمپلکس مایکوباکتریوم توبرکولوزیس ظرف تنها چند ساعت وجود دارد. هم چنین تعیین مقاومت احتمالی این عضو به ریفامپیسین ظرف مدت یک روز،‌ امکان‌پذیر می‌‌‌‌باشد. تکنیکRFLP و تکنیک‌های وابسته به انگشت‌نگاری DNA، روشهای مناسبی برای تفکیک اعضای زیر گروه کمپلکس مایکوباکتریوم توبرکولوزیس و سایر مایکوباکتریوم‌ها، به منظور استفاده در زمینه اپیدمیولوژی فراهم می‌نمایند(کول و همکاران، 1998).
با وجود قابل درک‌ بودن جذابیت این تکنیک‌ها نباید مشکلات و مسایل همراه با این تکنولوژی جدید را کوچک شمرد. علاوه بر این از آن‌ جایی که تکنیک‌ها گران قیمت و پر هزینه می‌باشند باید پیش از اقدام به جایگزینی، جنبه‌های اقتصادی و محدودیت‌های مالی آن به طور دقیق در نظر گرفته شود. (کول و همکاران (1998) به علاوه این شاخه جدید از علم به سرعت توسعه و تکامل یافته و سرعت عرضه نوآوری‌ ها در نوشتارهای علمی مربوط به این زمینه بی‌سابقه است. بر همین اساس در این قسمت به جای پرداختن به جزئیات و ارائه اطلاعات کامل تکنیکی تنها اصول و مبانی این تکنیک‌های جدید شرح داده می‌شود.
1-15-2-1-تشخیص بیماری
اگر چه برای آگاهی از وجود DNAمایکوباکتریوم‌ها در نمونه‌های بالینی، پروب‌های اسید نوکلئیکی مورد استفاده قرار گرفته‌اند ولی حساسیت این پروب‌ها بسیار محدود بوده و به همین دلیل برای تأمین هدف مذکور تکنیک‌های آمپلیفیکاسیون38 اسید نوکلئیک که به PCR39شهرت دارند و تکنیک‌های وابسته به آن به طور گسترده‌ای مورد بررسی و مطالعه قرار گرفته‌اند. PCRامکان آمپلیفیکاسیون DNA را در شرایط آزمایشگاهی فراهم می‌نماید. به طور کلی به کمک این تکنیک می‌توان ظرف تنها چند ساعت، میلیون‌ها نسخه کپی از یک قطعه واحد DNA تهیه نمود که وجود آن‌ها به آسانی با استفاده از یک پروب مناسب و یا به صورت یک نوار فشرده در الکتروفورز قابل شناسایی می‌‌باشد. آلونسو و همکاران40(2013) در جریان تقسیم سلولی، مارپیچ مضاعف DNAتوسط آنزیم به دو زنجیر منفرد تفکیک و مجزا می‌گردد. سپس زنجیرهای مکمل توسط یک آنزیم پلی‌مراز DNA به گونه‌ای ساخته می‌شوند که دو مارپیچ همانند تشکیل می‌گردد. این عمل نسخه‌برداری را در شرایط آزمایشگاهی نیز می‌توان با استفاده از حرارت(به منظور جدا نمودن دو زنجیره DNA) و افزودن DNA پلی‌مراز به ریبونوکلئوتیدها(که زنجیرهای جدید بدنبال آنها پدید می‌آیند) انجام داد. برای آن که ساخت زنجیر مکمل در شرایط آزمایشگاهی صورت پذیرد، باید دو قطعه کوتاه DNAبه دو زنجیر جدا شده DNAمتصل‌گردند. این قطعات اصطلاحاً پرایمر41 نامیده می‌شوند و اتصال آنها با زنجیرهای جدا شده DNA، مارپیچ‌های مضاعف کوتاه را پدید می‌آورد که از آن رشته مکمل ساخته شده و سپس شروع به گسترش می‌نماید. با انتخاب پرایمرهای اختصاصی یک ارگانیزم خاص، آمپلیفیکاسیون DNA تنها در صورت وجود همان ارگانیزم در نمونه مورد نظر صورت خواهد پذیرفت(آلونسو و همکاران (2013)).
مشروح اصول و قواعد کلی PCR در منابع دیگر شرح داده شده است. براساس روش‌های رایج این تکنیک، ابتدا به منظور دست‌یابی به DNAو استخراج آن از باسیل‌ها، بر روی نمونه مورد نظر فرآیندهایی مانند جوشانیدن، انجماد و ذوب42، و هضم آنزیمی اعمال می‌گردد یا آن که نمونه مذکور تحت تأثیر ترکیبات پاک کننده غیر یونی و یا مخلوط فنل و کلروفرم قرار داده می‌شود. در مورد معرفی مناسب‌ترین روش در بین روش‌های مذکوربرای مایکوباکتریوم‌ها، اتفاق نظر وجود ندارد. به هر حال پس از استخراج DNA از باسیل‌ها لوله‌های آزمایش محتوی نمونه جمعآوری شده، پرایمرها، ریبونوکلئوتیدها و یک آنزیم پلی‌مراز DNA مقاوم در برابر حرارت، در یک دستگاه خودکار قرار داده می‌شوند، این ماشین ابتدا دما را
تا حدی که دو رشته مارپیچ مضاعف از هم جدا شوند بالا می‌برد و بعد مخلوط را آن قدر سرد می‌نماید که امکان اتصال پرایمرها با زنجیرهای جدا شده DNA فراهم گردد. آن‌گاه مجدداً دما تا درجه‌ای که ساخت DNA مکمل آغاز گردد، بالا می‌رود. افزایش دما بیش از این حد سبب خواهد گردید که جدا شدن مارپیچ‌های DNAکه تازه شکل گرفته‌اند، افزایش یابد. هر چرخه تنها چند دقیقه به طول می‌انجامد و در شرایط مطلوب یک میلیون مورد آمپلیفیکاسیون DNA مورد نظر ظرف 2 ساعت انجام خواهد گردید. طول زنجیر DNA تکثیر یافته توسط فاصله میان محل‌های اتصال دو پرایمر بر روی مولکول DNAاصلی تعیین می‌گردد. تا کنون چندین سیستم طیف‌سنجی به منظور آشکار ساختن وجود فرآورده‌های به دست آمده از PCRعرضه شده است که امکان دست‌یابی به پاسخ را بدون نیاز به بازکردن در لوله‌های کشت فراهم می‌سازند و بدین ترتیب سبب کاهش احتمال بروز آلودگی ضمن کار43 می‌گردد. برای نشان دادن وجود مایکوباکتریوم‌ها در نمونه‌های بالینی، پرایمرهای مختلفی معرفی شده‌‌اند. تعدادی از این پرایمرها برای تمام اعضاء جنس

نوشته ای دیگر :
منبع تحقیق دربارهروابط موضوعی، میزان سازگاری، کودک خردسال، سازمان یابی

پاسخ دهید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *