دانلود پایان نامه

کار:
• مقدار 100 میکرولیتر از آنتی ژن با غلظت 10 میکروگرم در میلی لیتر بافر PBS در پلیت‌های الایزا ریخته شد.
• پلیت‌ها به مدت یک شب در دمای 4 درجه انکوبه شدند تا آنتی ژن به کف پلیت کوت شد. .
• پلیت‌ها یکبار با بافر شستشو‌، شستشو داده شدند و سپس 300 میکرولیتر بافر بلاک کننده به حفرات ریخته شد و پلیت‌ها برای یک ساعت در 37 درجه سلسیوس انکوبه شد.
• پلیت‌ها یک بار با بافر شستشو‌، شستشو داده شد و به خوبی روی کاغذ کار کوبیده شد تا کاملا خشک شد.
• سرم‌ها به نسبت 50/1 تا 6400/1 برابر با بافر رقیق کننده رقیق شد.
• به حفرات مقدار 100 میکرولیتر از سرم رقیق شده در بافر رقیق کننده‌، اضافه شد و پلیت‌ها 2 ساعت در 37 درجه انکوبه شد.
• پلیت‌ها 5 مرتبه و هر بار با 300 میکرولیتر بافر شستشو برای مدت 3-2 دقیقه شستشو داده شدند.
.• Anti mouse HRP conjugate را 10000/1 در بافر رقیق کننده‌، رقیق نموده و 100 میکرولیتر در تمام حفرات غیر از بلانک ریخته شد و پلیت‌ها 2 ساعت در 37 درجه سلسیوس انکوبه گشت.
• پلیت‌ها 5 مرتبه و هر بار با 300 میکرولیتر بافر شستشو برای مدت 3-2 دقیقه شستشوداده شدند.
• به هر حفره 100 میکرولیتر سوبسترای TMB ریخته شد و پلیت‌ها 30 دقیقه در 37 درجه انکوبه شد.
• برای متوقف نمودن واکنش به حفرات 100 میکرولیتر اسید سولفوریک 2 نرمال ریخته شد.
• پلیت‌ها بلافاصله در طول موج 450 نانومتر در مقابل رفرنس 630 نانومتر قرائت شد.

4-1-پیش بینی اپی توپ سلول B
مناطق اپی توپ ها در توالی های پروتئین L1 و L2 با استفاده از روش BCPred در BCPREDS تعیین شد. در کل 71 اپی توپ برای L1 و 70 اپی توپ برای L2، سروتایپ های HPV پیش بینی شدند. اپی توپ ها با بالاترین درصد برانگیختگی سلول B به عنوان منتخب برای کاربرد در ساختن واکسن بکار برده شدند.
Serotype
Protein
Position Epitope Score
HPV11
L1
128 NSGGYGGNPGQDNRVNVGMD 1
4 PSDSTVYVPPPNPVSKVVAT 1
482 RPAVSKPSTAPKRKRTKTKK 0.998
300 EAQLFNKPYWLQKAQGHNNG 0.994
169 GTQCSNTSVQNGDCPPLELI 0.99
422 ITCQKPTPEKEKQDPYKDMS 0.99
400 FGLSPPPNGTLEDTYRYVQS 0.989
99 CTGLEVGRGQPLGVGVSGHP 0.978
275 KGGNNRSSVASSIYVHTPSG 0.972
44 VGHPYYSIKKVNKTVVPKVS 0.959
345 VSKSATYTNSDYKEYMRHVE 0.89
227 KYPDYLQMAADPYGDRLFFY 0.887
252 MFARHFFNRAGTVGEPVPDD 0.859
190 SVIQDGDMVDTGFGAMNFAD 0.827
HPV11
L2
71 IPLGSSPKPAITGGPAARPP 1
197 FVVSSSDSGPTSSTPLPRAF 1
105 SLIEESAIINAGAPEVVPPT 1
159 FTEPSVIQPQPPVEASGHIL 0.999
50 GVFFGGLGIGTGAGSGGRAG 0.999
19 TCKATGTCPPDVIPKVEHTT 0.999
403 PTASMGTPFSPVTPALPTGP 0.998
363 VTQSYLTSTPNTLSQSWGNT 0.996
240 STPQRLVTYDNPVYEGEDVS 0.974
342 NDTFDIYAEPFDPIPDPVQH 0.957
294 RFSRIGQRGSMYTRSGQHIG 0.948
126 GGFTITSSESTTPAILDVSV 0.872
HPV16
L1
511 RKATPTTSSTSTTAKRKKRK 1
36 TVYLPPVPVSKVVSTDEYVA 1
453 ACQKHTPPAPKEDPLKKYTF 1
329 DAQIFNKPYWLQRAQGHNNG 0.999
198 GSPCTNVAVNPGDCPPLELI 0.998
426 EDWNFGLQPPPGGTLEDTYR 0.997
72 GHPYFPIKKPNNNKILVPKV 0.994
128 CVGVEVGRGQPLGVGISGHP 0.991
152 LDDTENASAYAANAGVDNRE 0.983
220 VIQDGDMVDTGFGAMDFTTL 0.964
175 MDYKQTQLCLIGCKPPIGEH 0.921
104 PDPNKFGFPDTSFYNPDTQR 0.919
255 CKYPDYIKMVSEPYGDSLFF 0.856
375 STSETTYKNTNFKEYLRHGE 0.803
HPV16
L2
116 DAGAPTPVPSIPPDVSGFSI 1
73 IPLGTRPPTATDTLAPVRPP 1
204 STNPNTVTSSTPIPGSRPVA 1
371 DDFITDTVTTPVPAIPSTSL 0.999
344 ITPSTYTTTSHAASPTSINN 0.999
416 IPINTTDQTPSLIPIVPGSP 0.999
160 NPTFTDPSVLQPPTPAETGG 0.998
137 TSTDTTPAILDINNTVTTVT 0.995
21 TCKQAGTCPPDIIPKVEGKT 0.993
51 MGVFFGGLGIGTGSGTGGRT 0.991
237 VVDPAFVTAPTKLITYDNPA 0.975
94 TVDPVGPSDPSIVSLVEETS 0.969
393 YIPANTTIPFGGAYNIPLVS 0.964
304 SRIGNKQTLRTRSGKSIGAK 0.961
448 LHPSYYMLRKRRKRLPYFFS 0.868
258 EGIDVDNTFYFPSNDNSINI 0.753
HPV18
L1
547 RSAPSATTSSKPAKRVRVRA 1
107 GNPYFRVPAGGGNKQDIPKV 1
457 NSSILEDWNFGVPPPPTTSL 0.996
365 SQLFNKPYWLHKAQGHNNGV 0.989
75 PPPSVARVVNTDDYVTRTSI 0.987
165 GVEIGRGQPLGVGLSGHPFY 0.98
339 KGTGMRASPGSCVYSPSPSG 0.979
407 ASTQSPVPGQYDATKFKQYS 0.976
197 TSNVSEDVRDNVSVDYKQTQ 0.956
318 ARHFWNRAGTMGDTVPQSLY 0.937
257 EDGDMVDTGYGAMDFSTLQD 0.894
235 ACKSRPLSQGDCPPLELKNT 0.88
297 QMSADPYGDSMFFCLRREQL 0.867
12 YHLLPLYGPLYHPRPLPLHS 0.836
526 LGRKFLVQAGLRRKPTIGPR 0.818
139 PDPNKFGLPDTSIYNPETQR 0.786
HPV18
L2
82 VDVGPTRPPVVIEPVGPTDP 1
120 PTFTGTSGFDITSAGTTTPA 1
408 PSTTSVWPIVSPTAPASTQY 0.999
20 TCKQSGTCPPDVVPKVEGTT 0.998
351 YADDMDPAVPVPSRSTTSFA 0.997
206 GEEPISSTPLPTVRRVAGPR 0.996
58 GIGTGSGTGGRTGYIPLGGR 0.994
387 VTVPLTSSWDVPVYTGPDIT 0.988
153 STTNFTNPAFSDPSIIEVPQ 0.987
319 FYHDISPIAPSPEYIELQPL 0.962
438 WPLYYFIPKKRKRVPYFFAD 0.93
248 LITYDNPAFEPVDTTLTFDP 0.888
298 RLGQRATMFTRSGTQIGARV 0.813
HPV31
L1
485 KRSAPSASTTTPAKRKKTKK 1
13 LPPVPVSKVVSTDEYVTRTN 1
128 DDTENSNRYAGGPGTDNREC 1
172 KGSPCSNNAITPGDCPPLEL 0.995
304 DAQIFNKPYWMQRAQGHNNG 0.995
47 HPYYSIPKSDNPKKIVVPKV 0.992
427 ITCQKTAPQKPKEDPFKDYV 0.992
103 CVGLEVGRGQPLGVGISGHP 0.956
193 NSVIQDGDMVDTGFGAMDF 0.955
397 PAILEDWNFGLTTPPSGSLE 0.941
149 SMDYKQTQLCLLGCKPPIGE 0.907
79 PDPNKFGFPDTSFYNPETQR 0.893
238 MVAEPYGDTLFFYLRREQMF 0.819
336 DTTRSTNMSVCAAIANSDTT 0.785
271 SVPTDLYIKGSGSTATLANS 0.74
HPV31
L2
118 GAPAPIPHPPTTSGFDIATT 1
200 TNNENITSSTPIPGVRRPAR 1
84 EASIPIRPPVSIDPVGPLDP 1
412 EHAPTQVFPFPLAPTTPQVS 0.997
55 FGGLGIGSGSGTGGRTGYVP 0.995
155 NPTFTDPSVLQPPTPAETSG 0.995
332 SIEMQPLGASATTTSTLNDG 0.993
362 TVDTPATHNVSPSTALQSTS 0.984
391 TTVPLSTGFDIPIFSGPDVP 0.971
21 TCKAAGTCPSDVIPKIEHTT 0.963
311 ATIGARVHYYYDISSINPAG 0.954
433 FVDGGDFYLHPSYYMLKRRR 0.842
288 TSRRNTVRYSRLGNKQTLRT 0.814
241 PKQLITYENPAYETVNAEES 0.808
HPV45
L1
503 GLRRRPTIGPRKRPAASTST 1
198 KGTLCKPAQLQPGDCPPLEL 0.998
314 TPGSCVYSPSPSGSITTSDS 0.997
425 NSSILENWNFGVPPPPTTSL 0.996
375 ASTQNPVPNTYDPTKFKHYS 0.994
127 WACVGMEIGRGQPLGIGLSG 0.984
456 VTCQKDTTPPEKQDPYDKLK 0.984
336 FNKPYWLHKAQGHNNGICWH 0.975
165 VITQDVRDNVSVDYKQTQLC 0.934
74 PYFRVVPSGAGNKQAVPKVS 0.929
40 PPPSVARVVNTDDYVSRTSI 0.918
219 NTIIEDGDMVDTGYGAMDFS 0.897
263 QMSADPYGDSMFFCLRREQL 0.867
288 WNRAGVMGDTVPTDLYIKG 0.826
HPV45
L2
82 VDVGPTRPPVVIDPVGPTDP 1
348 DVYADFPPPASTTPSTINKS 1
55 GGLGIGTGSGSGGRTGYVPL 0.999
412 TPMWPSTSPTNAATSTYIGI 0.997
115 SGAPVPTFTGTSGFEITSSG 0.997
203 SGSGTEPISSTPLPTVRRVA 0.997
372 KYSLTMPSTAASSYSNVTVP 0.994
153 SSTSFTNPAFSDPSIIEVPQ 0.979
20 TCKQSGTCPPDVINKVEGTT 0.972
433 GTQYYLWPWYYYFPKKRKRI 0.955
304 TMFTRSGKQIGGRVHFYHDI 0.94
249 VTFDNPAYEPLDTTLSFEPT 0.926

این مطلب رو هم توصیه می کنم بخونین:   منابع پایان نامه درموردارتباط معنی دار، کارآزمایی بالینی، بیماران مبتلا، یونان باستان

جدول 4-1: پیش بینی اپی توپ سروتیپ های HPV 11.16.18, 31, 45 با استفاده از سرور BCPREDS
4-2- قابلیت دسترسی اپی توپ ها
بعد از تعیین موقعیت، اپی توپ های مورد نظر بوسیله میزان قابلیت دسترسی به حلال بررسی شدند. برای انتخاب اپی توپ ها با قابلیت دسترسی بالا به حلال، ساختمان پروتئین های L1 و L2 مورد مطالعه قرار گرفتند. مدل های ساختمان سه بعدی L1 به دلیل فقدان ساختمان کریستال برای این پروتئین در سرور مدل سازی پروتئین رابط Swiss Model Alignment بدست آمدند. فهرست نتایج مدل سازی همولوژی برای پروتئین های L1 از HPV نوع های 11، 16، 18، 31 و 45 در جدول 2 بیان شدند. همانطور که قبلاً ذکر شد، این سرور نمی تواند پروتئین L2 را مدل سازی کند. برای آنالیز بیشتر اپی توپ ها در پروتئین های L2، ردیف توالی های متعدد پروتئین L2 از سروتایپ های HPV 11, 16, 18, 31, 45 نشان دادند که از توالی 11تا200 اسید آمینه ها، همولوژی 50% را دارند، بنابراین اپی توپ های استخراج شده از این منطقه به عنوان اپی توپ های انتخابی برای مرحلۀ بعدی انتخاب شدند.

Modelled residue range
template
Sequence Identity [%]
Z-Score:
L1-HPV11
20 to 470
2r5kD
92.24
-3.8
L1-HPV16
46 to 500
1dzlA
99.12
-4
L1-HPV18
82 to 536
2r5iG
92.09
-2.24
L1-HPV11
20 to 474
1dzlA
83.96
-4.04
L1-HPV11
47 to 504
2r5iG
81.44
-2.77
جدول 4-2:. فهرست نتایج مدل سازی همولوژی برای پروتئین های L1 از HPV نوع های 11، 16، 18، 31 و 45 در Swiss Model
سپس قابلیت دسترسی حلال این اپی توپ ها در نرم

دسته‌ها: پایان نامه ها

دیدگاهتان را بنویسید